git выборочное применение различий

Никак.

Что-то типа:

git checkout M && git diff L^..L | filterdiff -# 2 | git apply && git commit ...

ну я примерно так и думал... Но я видел как знакомый комитил svn из netbeans и там была подобная фича, а нет консольной(пусть не связанной с джитом) утилиты для обобщения все что ты написал?

Разбейте на n коммитов ребейсом

'Джит' — мои глаза! От таких людей правда можно ждать странных желаний

Можно откатить коммит в клоне, сохранив изменения, потом с этими изменениями перейти в ветку мэйн сделать коммит того что нужно, перейти в или пересоздать клон и докомитить остальное(при необходимости взяв коммит из мэйна).

тут попробовал маленбко думаю это можно использовать - спасибо.

Можно и средствами самого git:
git add -i
потом [p]atch и вы будете скакать по потрохам дифа и выбирать какую часть занести а git-cache а какую нет.

ещё и в сторону git rebase -i посмотрите, там тоже много интересного.

P.S. сам пока не осилил