компиляция прог написанных на gcc 2.9.x под gcc 3.x.x

берешь, ставишь из дистра новый компилятор, найдешь линк - он будет указывать на один из реальных gcc - на gcc-2.9.x или gcc-3.x.x - перенаправишь на тот, что надо по умолчанию. Если прога на C++, то могут быть маты на deprecated - там strstring и sstring менялись названия - а так обычно все пересбивается ок.

а поподробней можно что на что поменялось?

/usr/include/c++/3.2.2/backward/backward_warning.h:32:2: warning: #warning This file includes at least one deprecated or antiquated header. Please consider using one of the 32 headers found in section 17.4.1.2 of the C++ standard. Examples include substituting the <X> header for the <X.h> header for C++ includes, or <sstream> instead of the deprecated header <strstream.h>. To disable this warning use -Wno-deprecated.

ещё из того же разряда классы - больше изменений не находил.

Много чего еще поменялось. Например в 2.9.x не было настоящих namespace'ов. + скорее всего нельзя будет использовать c++ библиотеки собранные более поздними компилерами