Slozhniy vopros po shell.

Может так:

[ `ls -l $symlink | awk '{ print $NF}'` = $file ]

не совсем понятно, что конкретно нужно, в каком контексте..

можно так написать:

are_the_same()
{
    if test -l $1; then
        are_the_same ${1%/*}/$(find $1 -printf '%l') $2
        return $?
    fi
    if test -l $2; then
        are_the_same $2 $1
        return $?
    fi
    test $(find $1 -printf '%i') -eq $(find $2 -printf '%i')
    return $?
}

> [ `ls -l $symlink | awk '{ print $NF}'` = $file ]

так плохо.. у тебя файл может быть один и тот же, а строково они не будут совпадать..

еще отдельно нужно проверять на что если $1 или $2 директории

нужно отметить что команда -printf у find нестандартная, на моей домашней машине не работает

Если пошла речь о нестандантах, то может проще

if [ `stat -L -c %i $1` -eq `stat -L -c %i $2` ]

?

[ `realpath symlink` == file ]