perl

#!/usr/bin/perl
open(FL,"your_file_name") || die "Can't open input file" ;
while(<FL>) {
$_ =~ s/\^M//g ; }
close(FL) ;

да вот в том то и дело что это не работает (

странно. а ты уверен что там имеено ^M в конце ?
конструкция-то рабочая.
sasha@as255:~$ cat bbb.txt
aadsadasdasdasdasdmm
dsadsadsadsadmm
dsadsadasdsaddasdsadmm

sasha@as255:~$ perl -pi -e 's/mm/11/g'  bbb.txt
sasha@as255:~$ cat bbb.txt
aadsadasdasdasdasd11
dsadsadsadsad11
dsadsadasdsaddasdsad11

sasha@as255:~$

[anonymous@observ my_html_files]$ perl -i -n -p -e 's!\cM|\cJ!!' *.html

На сколько я помню ^M - это так mcedit показывает \n\r, так что unix2dos тебе поможет, ну или на perl'e:

#!/usr/local/bin/perl

while(<>) { chomp; print "$_\n"; }

$ del_nr.pl < file > file.new

А перлом обязательно? dos2unix не поможет?

команда tr поможет

file.txt - файл с ^M

--code--
cat file.txt | col -b > file_WO_ctl_M.txt
--end--