В данной ситуации гораздо больше влияет КАК написано. И как будет использован Perl. А говорить что php будет однозначно быстрее я бы не стал. И вообще языки программирования не оказывают решающего действия на скорость выполнения приложений. Гораздо важнее способность к масштабированию, доступные библиотеки и framework'и.
Если писать апачевские модули на perl, то может немного и побыстрее будет, если использовать Apache::Registry, то примерно одинаково. Советую все же выбрать mod_perl: это более гибкое и мощное решение.