Как забить на то , чтобы они создавались - он же ж вро как с буферами своими работает а не с файлами на винте , а то я конфиги фввм-кристал когда эдитил - матерился неплохо :)
Если юзать CVS
то на лишний мусор внимания можно не обращать.
А бэкап всеравно хорошо.
cvs commit - подтверди сделаное ибо жалко если пропадет
cd ..
rm -rf .dir - уходя выключи свет. чистота залог здоровья
cvs checkout bla bla bla - утром получи работу на свежее место