есть 2 способа сделать это (по крайней мере я знаю только 2) один - лёгкий, но "уродский". второй посложнее, но правильный. 1) пускай апач под рутом, а не под nobody. 2) напиши мини сервер, например на перле, который запущен под рутом, и принимает по tcp, ну или если совсем в лом чего-нить писать, то из файла получает данные, а затем их исполняет. Только удостоверься, что есть хорошая проверка прав на запуск или ограничь список возможных комманд... а то кто-нить "умный" такого наделает с твоим компом, что мало ни ему (твоему компу ),ни тебе не покажется...