LINUX.ORG.RU
Форум — Development  

О молекулах и МС


0

0

Необходимо чтобы программа, получая молекулу в заданном формате выдавала все возможные осколки этой молекулы с их массой и зарядом. Два вопроса: есть ли библиотека в той или иной степени решающая поставленную задачу? в каком или каких форматах записи сейчас культурно скармливать молекулу программам и какие существуют библиотеки для разбора этих форматов?

★★★★★

Если все возможные, то тогда на вход брутто-формулу. С химическими форматами работает вроде openbabel и python-oasa

anonymous
()
Ответ на: комментарий от anonymous

Не. Брутоформула не пойдёт. Возможные осколки очень даже зависят от структуры. Например из бензола вряд ли получится третбутильный кусок.

KblCb ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от anonymous

Гм... Мои скромные познания в химии, дают мне основания полагать, что то какие фрагменты у меня могут получиться при расщеплении молекулы вполне можно предсказать. Собственно библиотеку именно с этим функционалом я ищу для того чтобы не проделывать ненужную работу.

KblCb ★★★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от KblCb

Если речь об органике, то в принципе возможно, только вот скрипт похоже самому все равно писать (доступ к дорогим понтовым базам исключаем).

Если же это кластеры вообще, то автоматизировать не получится.

gkrellm
()

Поищи на http://www.redbrick.dcu.ie/~noel/linux4chemistry/

Вопрос я не совсем понял. Тебе надо кодировать молекулы в общепринятый формат?
Существует специальная кодировка органических молекул называется "Система линейных формул Висвессера" (ЛФВ) применяется в частности для индексации соединений в СА, ещё применяются матрицы смежности и таблицы связности, лишенные недостатка ЛФВ (отсутствие стереохимических данных)

Вообще рекомендую почитать книгу "ЭВМ помогает химии" Г. Вернен, М. Шанон. - Л.: Химия, 1990. УДК 54.04:681.3 ISBN 5-7245-0440-5

Attila ★★
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.
Development