Есть ли какая-нибудь переменная, что бы получить все опции комммандной строки с которой запускался CMakeLists.txt? Или как их вообще в виде одной строки получить можно?
Можно через параметр -D передать. Например так cmake -DMY_VAR1 в скрипте станет доступна переменная MY_VAR1. проверить переменную на существование можно так: