Насчет процесса легко - выставь через sched_setscheduler максимальный SCHED_FIFO приоритет и наслаждайся жизнью (плюс не забудь сделать mlockall(MCL_CURRENT|MCL_FUTURE)). Насчет прерываний, если это IA32, то вроде можно поднять IOPL (man iopl) и выполнить CLI, но это очень чревато неприятностями (если не представляешь в деталях работу ядра, то лучше так не делать).
>Можно через модуль ядра и CLI но как теперь обмениваться с этим модулем данными
Зачем тебе "модуль ядра"? Ну а если и модуль "ядра", то что тебе мешает обмениваться с ним данными? CLI на это вообще никаким местом повлиять не может.