Конечно, можно написать малюсенькую С-прогу, которая определит, какой макрос определен и вернет код "ошибки", который можно опросить уже в Makefile. Но может есть способ попроще? За исключением: просто вручную указать make -f Makefile.linux, make -f Makefile.win32 (и т.п.).