Это вообще работает?
QFileInfo file("/home/najar/file");
QString str = file.group();
В str получается групп установленных через setfacl нет.
Единственное что нашел по вопросу - это четырехлетней давности рассылка
http://lists.trolltech.com/qt-interest/2004-10/msg00628.html
где говорится, что QFileInfo вызывает в результете все-равно позиксные функции, и якобы не Qt виновата, а glibc.