После git fsck появился у меня dangling blob. Я сделал git prune. Псле чего запустил git fsck снова и у меня появилось уже 6 dangling blob/dangling tree. Снова сделал git prune, но уже ничего не помогло, git fsck --full тоже.
В итоге потёр нафиг репозиторий и клонировал его заново, но вопрос "что это было" остался. Могло быть из-за того что я git gc забыл сделать?