Исходники для разных платформ

> Иметь отдельное дерево исходников для каждой ОС - это плохо?

Для релиза отвратительно. Для тестирования приемлимо.

Мы делали так: общие исходники, если в исходнике отличается немного - #ifdef, если нужно всё разное - в каталоге src/win32 | src/unix .

а как потом правила для make писать?

qmake-ом собиралось всё. А в чём проблема?

ладно, потом подниму для этого отдельную тему, когда займусь вплотную задачей

Если gnu make, то в нем есть условная конструкция навроде сишного препроцессора. Вот http://www.chemie.fu-berlin.de/chemnet/use/info/make/make_7.html