Сборка фортрановского проекта

Есть проект на Фортране 90/95, всего около 40 файлов.Для генерации Makefile пытаюсь использовать autotools. В итоге этот Makefile создан, но собрать проект не получается. Проблема заключается в том, что утилита make пытается создать объектные файлы в неправильном порядке. Например, в файле a.f90 используется модуль b, описанный в файле b.f90. Для создания файла a.o необходимо сначала получить файл b.o и соответственно b.mod. Automake создает makefile, который не учитывает эту особенность. Есть ли решение этой проблемы?