Редактор с поддержкой UTF-16

перекодировать iconv
из кои в utf-16
$ iconv -f koi8-r -t utf16
из win в utf-16
$ iconv -f cp1251 -t utf16
-f это "from" из
-t это "to" в

Это, конечно, идея. Я ею воспользовался, но, допустим, теперь мне необходимо изменить перекодированный файл?

Используй vim. Цитата из его документации, раздел про utf-8:

UCS-2, UCS-4 and UTF-16 encodings are supported too, they are converted to UTF-8 internally.