Программа на XLibе

Отслеживай событие Expose у окна -
как только окно что-нибудь закрывает - XRiseWindow()

Пардон, я ошибся. :-( Expose генерируется когда окно частично или полностью открывается. Т.ч. вопрос остается в силе.

Ага. Вот решение как сделать окно Always on Top:
Отлавливать в окне событие VisibilityNotify
и по пришествии такого событие вызывать функцию XRaiseWindow(),
естественно параметром будет окно, которое надо держать сверху.
По идее это точно сработает.
Другой способ - это сформировать свойства окна так, чтобы
Window Manager сам держал окно всегда сверху. Но это не портабельно
вследствии не совместимости протоколов WM.
Удачи.

Спасибо