запуск программы в chroot

чтобы выполняться, её файл будет загружен в память и будет доступен ей оттуда

Вот может быть можно как-то разделить этап загрузки и исполнения.

А почёму нет тега «хочу странного»?
Имхо странная очень идея после chroot запустить ПО, которое из chroot недоступно.

Напиши свой загрузчик, ну.

Вклинься до мейна в какой нибудь инит.

Только нафига ты пытаешься скрыть программу от самой себя? Она себя один хрен из памяти прочитать сможет.

Это нужно, чтобы запустить программу в изоляции от остальной файловой системы.

Запускай под отладчиком, поставь точку останова на main(), когда загрузится и приостановится — сделай процессу chroot(), дропни CAP_CHROOT, отцепи отладчик.

Зачем отладчик? Лучше сделать враппер какой-то, чтоб перед main() это все делалось. Например, так https://gist.github.com/apsun/1e144bf7639b22ff0097171fa0f8c6b1

Неплохо!

Так будет работать только для динамически слинкованных бинарников с конкретной реализацией (диапозон версий glibc, где есть __libc_start_main). А вариант с ptrace более универсальный - можно поставить breakpoint на entrypoint, там сделать chroot и capset, а потом вернуть всё обратно. И это будет работать как с другими реализациями glibc (musl, например), так и со статически-слинкованными бинарниками.

из которого недоступен исполняемый файл програмы(а также зависимые динамические библиотеки)?

в изоляции от остальной файловой системы

Ахтунг! Ахтунг! Обнаружены противоречивые требования!