Сгенерировать патч с помощью JADX

получается деобфускация Не получается, и в принципе получиться не может без оригинального файла маппингов. Максимум - имена будут «причёсаны» для синтаксической корректности и отсутствия коллизий.

Насколько я могу судить, jadx не умеет сохранять и переиспользовать такие «технические» маппинги. Можно попробовать работать с результатом - построить AST двух версий и попарно сравнить, например.

Даже apktool разные названия даёт. Придется самопальный diff делать.