Если твоя программа представляет собой один исходный файл на C, пишешь: cc имя-файла-с-твоей-программой и тиснешь enter. Бинарник будет называться a.out, а пустить его ты можешь набрав ./a.out ('./' необходим, если у тебя нет глупой привычки добавлять '.' в PATH).
Если проект состоит из нескольких вайлов, обычно пользуются makefiles. В общем: man cc, info make и внимательно читай.