STDIN

read:

#!/bin/sh

read
echo ONE=$REPLY
read
echo TWO=$REPLY
read
echo THREE=$REPLY

А как быть если у меня поток строк?
Я должен написать фильтр.

В скрипте орудуя sed'ом выбирать и изменять строки.

Уже не надо.
Сделал через сохранение в временный файл:

cat > ./temp.txt

> А как быть если у меня поток строк?

Я и написал пример, как быть, когда у тебя поток! Неужели надо еще подробнее?

Делай read в цикле и обрабатывай echo $REPLY|sed... итд.

так в скрыпте и пишы сразу. 
Какая команда станет в скрыпте стдин читать,
та и получит запайпленые данные.

bugmaker@buggy1:~/tmp$ cat ht.sh
#!/bin/sh

sed s/1/2/g
bugmaker@buggy1:~/tmp$ cat test2.txt
123132
bugmaker@buggy1:~/tmp$ cat test2.txt | ./ht.sh
223232
bugmaker@buggy1:~/tmp$