Есть какие-нибудь утилиты для работы с MTD разделами? Создать/удалить... В идеале - на большом компе сформировать образх флешки для записи в устройство.
Для формирования образа используй mkfs.jffs2. А насчет разделов - IMHO их не нужно создавать/удалять, надо просто поменять значение параметра mtdparts, передаваемого ядру.
Например: mtdparts=sharpsl-nand:7168k@0k(smf), 32768k@7168k(root),-(home) создает три раздела: первый (smf) на 7168k в начале флеша, второй (root) на 32M в середине и третий (home) в конце на весь оставшийся флеш.