Есть такой в природе? Чтоб запускался из командной строки, а не средствами Emacs'а или PHPStorm'а. Вообще, есть бьютифаеры PHP помимо PHP_beatify и phpcf? У первого только две опции "--indent_tabs" и "--indent_spaces".
В описании phpcf говорится, что выравненные выражения остаются выравненными. Что происходит с отступами неясно.
