qtcreator

А в чём вопрос?

Единственный нюанс, что нужно отдельно прописать заголовки без исходников, иначе они в дереве не отобразятся, а в остальном никаких телодвижений делать не надо.

set(logger_SOURCE
    Logger.cpp
)

set(logger_HEADERS
    LoggerCommon.h
    LoggerConfInterface.hh
)

add_library(logger SHARED ${logger_SOURCE} ${logger_HEADERS})

Пользуясь случаем, нагло пропиарю свою статью Современный CMake: 10 советов по улучшению скриптов сборки

И к ней пример на github. Не утверждаю что это идеал, но довольно практичная структура.

P.S. крайне удобно использовать CMake 3.8.1 и выше и QtCreator последней стабильной версии, там плагин для CMake получил новые фичи за счёт CMake server mode

А в чём вопрос?

Вопрос в том, что бы файлы исходников были в одной, единственной, директории, а в дереве проекта была иерархия из нескольких папок путём изменения CMakeLists.txt