выводы

--with-python - не означает что boost собирается без python

- python : not building - не означает что boost собирается без python

use флаг может быть неявным

pyilmbase - все равно не находит boost::python (ошибка та же, при любых сборках boost), но думаю дело в самом pyilmbase

обидно только, что либа нужна сейчас, и полгода назад она собиралась...