Есть какой-нибудь rfc о том в каких директория и в какой последовательности искать конфиги?

Да.

Вроде как сначала смотрим на ~/.penis.conf, если его нету, то $PWD/penis.conf, а если и его нет, то /etc/penis.conf

https://specifications.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html

$PWD

извращенец! небось и к пенисам неровно дышишь

Что не так с $PWD и с пенисами?

не так дырявость концепции. представь если sudo будет конфиг читать в текущем каталоге

Ну зависит от программы, да. git и hg, например, читают конфиг из текущего каталога.

/lib/app/app.conf:/etc/app/app.conf:~/.config/app/app.conf

/lib/app/app.conf

На какой планете в /lib кладут не бинарные библиотеки?

там уже не конфиг, а полноценная БД. «конфиг» скорее заголовком к БД служит. хотя юзкейс понятен, да

на Моей

~/.

Про xdg читни.

/usr/lib/pkgconfig/