Как удалить python 2 и поставить 3 версию?

внезапно python3

Просто поставь пакет третьего питона, а затем используй команду «python3» вместо «python». Они существуют рядом друг с другом и не мешают друг другу.

Спасибо.

Можно ещё сделать ln -s /usr/bin/python3 /usr/local/bin/python, тогда команда python будет работать с третьим, а воторой будет доступен (как и сейчас) как python2. В арче так по дефолту, например.

Не навредит ли это системе? Если системные скрипты расчитаны на питон2, то может что-то поломаться - не зря же второй стоит по-умолчанию.

Теоретически может, да. Не подумал об этом. Хотя по-хорошему, если скрипт работает только со вторым или только с третьим, хорошо бы там в шебанге писать python2 или python3 соответственно. В любом случае, мы не знаем, какой это дистрибутив даже. В арче вот так и сделано (только не в local, конечно), проблем нет. Ну и симлинк можно в любой момент удалить, это же не какая-то страшная штука.

можно попробовать использовать pyenv - https://github.com/yyuu/pyenv

Не можно, а нужно. Плюс https://github.com/yyuu/pyenv-virtualenv