gnuplot в своей программе

С помощью exec* функций (c/c++) можно запустить gnuplot как дочерний процесс, а дальше передавай ему данные по pipes, он это понимает.

То-есть никакой библиотечки у него нет ?

Незнаю даже, обычно его в других приложениях используют так как я выше сказал.

Вам сюда:

http://ndevilla.free.fr/gnuplot/

Д.В.

Есть замечательная библиотека plplot, я ей пользуюсь!