Если менять раскладку сочетанием клавиш (Alt+Shift), индикатор раскладки становится противоположным реальной раскладке - пишу я на русской раскладке, а в индикаторе отображается «en». Если в качестве переключения использовать сочетания «Переключится на следующий/предыдущий источник ввода», то все в порядке, но там нет возможности задать сочетание Alt+Shift. Ubuntu 13.10, GNOME Shell 3.8.4.