Вобщем при обновлении что-то поломалось, симптомы такие: перестал запускаться xfwm при логине, некоторые настройки системы не применяются до релогина, например обои меняются, а иконки, шрифты, отключение тачпада только при релогине применяются, не работают хоткеи типа Alt+F2. Похоже что сломалось что-то небольшое, но не могу вычислить что.