1) Узнать разрешение экрана, набор установленных плагинов и т. д. Вся эта информация позволяет создать практически уникальный отпечаток компьютера.
2) Теоретически может хитрыми вызовами проигнорировать настройки прокси браузера и соответственно выдать любителей I2P, Tor и т. д.
3) Скриптовой движок является на порядок более сложной системой, чем парсер HTML, поэтому шанс того, что там найдётся дырка выше. Хотя в последнее время не было новостей о серьёзных уязвимостях этого рода в нормальных браузерах.
В общем, для обычного юзера он не особо опасен, а вот для тех, кто хочет не оставлять следов - злейший враг.
Тогда не знаю. Только вот вопрос: если не беспокоит создание сигнатуры JavaScript (набор установленных шрифтов, плагинов браузера и т. д.), то зачем менять UA?
Просто какое-то время назад проскакивала новость про уникальные отпечатки браузеров. А человек интересуется анонимностью в сети судя по вопросу. Для полноты картину надо и это было упомянуть. А принимать во внимание ему это или нет - зависит от уровня паранойи и рода деятельности (что в общем-то, коррелирует, если человек здоров). Сам я UA не меняю, ибо понимаю, что без скрытия самого IP (с помощью всяких i2p) глупо что-то прятать.