Кажется, это лечится на некотором железе с помощью HWCursor "True"/"False" в xorg.conf. Хотя, на ATI Rage128 совсем не мелькает только дефолтный двухцветный курсор.
А старое оборудование и не поддерживает аппаратный курсор, отличный от монохромного.
У меня на Radeon 9000 Pro никакого мерцания не наблюдается ни со стандартным черным, ни с полупрозрачным белым, ни с каким-либо другим курсором. Все дело в оборудовании.
Ну у мя Geforce 4200Ti, явно не старое, но у меня он не то что постоянно мигает а иногда и в основном только во время проигрывания анимации, вращение.
А вот что делать с таким глюком как изменение темы курсора, т.е. при перемещение курсором мыши какой нить иконки, кусрор становиться дефолтным (чёрным), это хорошо видно в Кноппиксе (там тема whiteglass).