Вызываешь WPrefs, открываешь закладку "Edit the menu for launching applications", добавляешь что надо (и если надо) в меню, или выбираешь уже существующий пункт, на "ускоритель" жмешь "захват" и нажимаешь требеемую комбинацию.
Существуют и другие способы (редактирование каких-то файлов и т п)
Можно покопаться в ~/GNUstep/Defaults