Да есть там пункт в меню "Кодировка", стопудово, сам недавно делал. Правда (возьмём к примеру разговор по IRC) в новой кодировке будут появляться только новые сообщения, а список пользователей с русскими никами не исправится, поэтому стоит написать пожелания разработчикам kopete, рульного IM-клиента! :)
Кодировку можно устанавливать для каждого контакта индивидуально - по правой кнопке что-то вроде "свойства пользователя" (точно не помню). Только вот беда в том, что где-то начиная с версии 9.0 разработчики поломали эту возможность, так что сообщения, исходящие от тебя, люди получают нормально, а ты - как будто в кодировке ISO-8859-1. У меня нормально работает только версия 0.8.2