Для этого надо root'ом запустить nautilus, выбрать вкладку Файл -> Открыть адрес, появится окно "Открыть местоположение" здесь написать applications:/// и нажать "Открыть" появится окно с пунктами меню десктопа GNOME, теперь можно править на свой вкус с известной предосторожностью.