Сначала выяснить, откуда это берется. Первая гипотеза: глюк compiz или kwin. Проверяется отключением эффектов рабочего стола. Вторая гипотеза: глюк видеодрайвера. Проверяется временным прописыванием vesa в xorg.conf. Лечится в любом случае заменой глючного компонента системы на другую версию.