LowID и скорость передачи данных - разные вещи.
первое можно устрить ( в мысле убрать) отркрыв порты 4662 по utp и tcp. Если клиент не на сервере файрвола а на другой машине за ним - делать jump на его ip в iptables.
Со вторым всё гораздо проще (или сложнее - как посмотреть). Если вы уже получаете какой-то парт то скорость закачки от ID не зависит AFAIK.
Вы ведь у себя аплоад тоже ограничили, правда?