Я даже как-то не заметил, когда именно это произошло. Похоже, после апгрейда системы на Сузи 9 с 8.2 (аптом).
Симптомы такие: КДЕ видит <Win> как обычную клавишу (очень похоже на то), т.к. при попытке настроить какой-нибудь shortcut при нажатии клавиши Win КДЕ "видит", что она нажата, а при нажимании второй - Win "забывается".
Что делать - не знаю. Пробовал варианты с:
xmodmap -e 'clear mod4'
xmodmap -e 'add mod4 Super_L Super_R'
и всё без толку.
Где копать-то???