для нубов в мане всё есть: заходить в rtorrent, добавлять торрент (Enter) но не стартовать, дальше стрелкой вправо к списку файлов, нажать звезду * пометив все файлы в состояние off, а потом нужные для закачки пометить пробелом и стртануть торрент Ctrl+S