Можно написать свой сэйвер, использовав gtkmozembed. Писал для проекта, за основу брал самый простой исходник из набора xscreensaver-а и собирал. В принципе даже работало. Исходников под рукой нет. А gtkmozembed натравливал на локальный файл (или локальный апач) с нужным флешем.
Macromedia's stand-alone Flash player has xscreensaver support, as of version 6.0.79 and later. To use it, put a line like this in the `programs' preference in your .xscreensaver file:
"My Flash" gflashplayer -root $HOME/movies/my_flash.swf \n\