Нашел такую штуку:
http://gitorious.org/projects/ffmpeg/repos/ffmpeg-mt
И там к примеру за 14 октября Add multithreading for PAFF/MBAFF.
Скачал, собрал (были проблемы с libswscale). Вроде работает, но у меня одноядерник. Кто может с реальной многоядерной или многопроцессорной системой проверить? Там есть патчик простенький для mplayer - его пока не пробовал, не успел.
