изменить эмулятор терминала

Settings - > Settings Manager -> Preferred Applications

там ставите

А через консоль как? (путём редактирования конфигов)

> Тот эмулятор

какой? во флюксе и в блеке нету своего терминала

> Как поставил xfce, эмулятор терминала (даже при запуске fluxbox,openbox через startx) изменился

он не изменился, а поставился просто еще один. xterm никуда не делся по крайней мере.

Терминальный эмулятор не запускается при старте Иксов, это отдельная программа. Редактируйте меню тех оконных менеджеров, из которых Вы пытаетесь запустить этот эмулятор. По всей видимости, Вам нравился xterm

cd ~
cd .config/xfce4
pico helpers.rc

рисуете там
TerminalEmulator=gnome-terminal

или какой вам там по душе

update-alternatives (если deb-based)