2. В обоих секциях скринов указываешь разные мониторы:
Section "Screen"
Identifier "Screen VGA"
Device "Videocard1"
Monitor "External VGA"
...
EndSection
Device тут можно попробовать оставить один общий, если не покатит (на nvidia у меня не катит), то сделай два определения с явным указанием скрина:
Section "Device"
Identifier "Videocard0"
...
Screen 0
EndSection
Можно использовать 2 моника, но 3д не пашет. Я спрашивал, можно ли не xrandr'ом, а юзать их как 2 отдельных не связанных скрина, со своими X для каждого