Демоны в генте

after, before и т.д.

Править имеющиеся init-скрипты.

сорри - это что? В инти скриптах секции? А нет чего-нибудь поудобнее?

Для всех инитов уже прописаны все зависимости, а вот если вы хотите изменить порядок, то надо править.

rc-update add *runlevel*

Вы не поняли, речь о CPU и IO приоритетах, а не о ранлевелах. И как бы без правки инит скриптов обойтися?

1. nice. ionice(?). 2. никак