В Nautilus, Rhytmbox и может быть еще где-то из Гнома не работает контекстное меню, хотя ничего в настройках еще поменять не успел.
Проблема, похоже, только в родных гномовских приложениях, в Firefox, например, все нормально. В трее меню тоже работает.
Если переключиться на старый Openbox, проблема тут же исчезает.
Копать в настройки компиза? Или еще куда-то?