Когда-то столкнулся с такой фигнёй: Flathub: Failed to parse...
Думал только на EL-8 так, но и на девятке гуглится.
Сейчас выдаёт такое:
$ flatpak search anki
F: Failed to parse /var/lib/flatpak/appstream/flathub/x86_64/active/appstream.xml.gz file: Error on line 6561 char 86: <p> already set 'The application is sandboxed. It includes bundled ' and tried to replace with ' and '
No matches found
Оказалось в этом appstream.xml для старых flatpak присутствуют лишние буквы: надо удалить все <code>, </code>, <em> и </em>.
Оставлю это здесь (может кому пригодится).
cd /var/lib/flatpak/appstream/flathub/x86_64/active
sudo sed -i -r 's#</?code>##g; s#</?em>##g' appstream.xml
gzip -c appstream.xml | sudo tee appstream.xml.gz >/dev/null
Всё, вот так работает нормально.