Зачем Synaptic и многие другие графические менеджеры пакетов запускаются от рута?

Зачем программа A имеют фичу Б, а программа В — нет?

Не «зачем», а «почему». Потому что ты её не дописал.

для доступа в корень?

В synaptic, по умолчанию создается desktop файл запускающий скрипт synaptic-pkexec:

$ cat /usr/bin/synaptic-pkexec
#!/bin/sh
pkexec "/usr/sbin/synaptic" "$@"

А так, его вполне можно запустить и без рутовых привилегий.

Памак и Октопи получают доступ и без гуя от рута

Потому что они древние и раньше по другому не умели вот и все.

Синаптик до сих пор развивается же, но даже если не он, то есть более новый Дисковер от Кед, тоже рут подавай.

Вопрос не почему синаптик хочет работать с пакетами от рута, а почему вы хотите от пакетного менеджера чтобы он пытался это делать без рута.

Потому что сделали на тяп-ляп как проще.

Вот и я про то, зачем гуй от рута, когда от рута должны рулиться только пакеты?

Потому что «гуй» и «рулиться пакеты» в случае синаптика это один и тот же бинарник. А всякие там центры приложений просто вызывают gksu apt-get или как то так.

Синаптик до сих пор развивается же, но даже если не он, то есть более новый Дисковер от Кед, тоже рут подавай.

Синаптик старый, дисковер права просит только для установки/удаления пакетов.

Discover не запускается от рута, во всяком случае в fedora, где я его в последний раз видел. Он запускался от пользователя и требовал повышения привилегий через polkit