Не сохраняется расположение ярлыков на рабочем столе.

Сама сталкивалась с подобным. Объясню на примере Debian.

1. /home/имя пользователя/.config/название окружения рабочего стола/desktop
2. В папке desktop будет один или несколько файлов вида icons.screen0-0x0.rc. Удалите их.
3. Расположите ярлыки на рабочем столе как надо.
4. В вышеупомянутой папке desktop появится новый файл вида icons.screen0-0x0.rc. Его нужно сделать доступным только для чтения, а не для чтения и записи.
5. Папку desktop тоже надо сделать доступной только для чтения.
6. После перезагрузки расположение ярлыков сохранится.