Настройки telegram?

перелогиньтесь, товарищ майор.

/home/user/.local/share/TelegramDesktop

Каталоги с точкой перед названием - скрытые. В менеджере файлов настрой их отображение и увидишь.

Настройки telegram?

Обратитесь в суппорт telegram?

Запускайте strace -e open -o files.log /путь/к/бинарнику/Telegram, быстро закрывайте (лог быстро распухнет) и смотрите, куда он лезет.

Если найду, себе заберу?