Выполнить команды сразу после старта X-ов

Можешь в автозагрузку своего DE добавить.

У кед же в настройках есть автозапуск скриптов и приложений

Не, хотелось бы какой-нибудь текстовый конфиг, который в git можно положить.

~/.config/autostart/ можно в git положить

хотелось бы какой-нибудь текстовый конфиг

~/.xsession

/etc/rc.local

Если не надо, чтобы было от рута, то в .xinitrc или автозапуск DE.